截止2007年，日内瓦大学主体由7个系，1个学院和1个研究所组成:
科学系（la faculté des sciences）
医学系（la faculté de médecine）
文学系（la faculté des lettres）
经济与社会科学系（la faculté des sciences économiques et sociales）
法学系（la faculté de droit）
神学系（la faculté de théologie）
心理学和教育学系（la faculté de psychologie et des sciences de l‘éducation）
翻译学院（école de traduction et d’interprétation）
建筑学研究所（Institut d‘architecture）
大学的从属学院还包括八个系属学校和跨系别研究中心：
法语文化及语言学校（école de langue et de civilisation fran?aises）（文学系下属）
体育教育学校（école d’éducation physique et de sport）（医学系下属）
大学信息中心（Centre universitaire informatique）
大学人口生态学及环境科学中心（Centre universitaire d‘écologie humaine et des sciences de l’environnement）
大学能源问题研究中心（Centre universitaire d‘étude des problèmes de l’énergie）
老年问题中心（Centre interfacultaire de gérontologie）
宗教改革史研究所（Institut d‘histoire de la réformation）
日内瓦大学欧洲中心（Institut européen de l’université de Genève）
以下独立学院也依托于日内瓦大学：
高级国际关系及发展学院（Institut de hautes études internationales et du développement），2008年由原国际高等教育学院（Institut de hautes études internationales）和国际发展学院（Institut universitaire d’études du développement）合并而成
Bossey神学院（Institut ?cuménique de Bossey）
